初試啼聲
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克林頓在擔任阿肯色州州長期間已經被看作是民主黨內的明日之星，各方都相信他有朝一日一定會競選總統。他曾擔任民主黨的州長協會主席，並以這個身份第一次踏入全國的政治舞台，他是在1988年的民主黨全國大會被邀請發表演講，介紹民主黨的總統候選人、麻省州長米高·杜卡齊斯。這場原定15分鐘的演講後來成為一場臭名昭著的半小時乏味談話。
競選過程
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主條目：1992年美國總統選舉
儘管遭遇了第一次的打擊，克林頓還是決定參加1992年的總統選舉，挑戰尋求連任的總統老布殊。當時，剛經歷過海灣戰爭的老布殊似乎鐵定連任，而民主黨內其他的幾位對手，特別是紐約州州長馬里奧·郭默也都躍躍欲試，克林頓當選的機會很小。
但事情卻有出人意料的發展，老布殊戰後如日中天的聲望讓眾多包括郭默在內的民主黨重量級戰將打了退堂鼓，在蜀中無大將的情況下，饒有聲望卻資歷較淺的角逐者有了機會。當年競爭民主黨提名的有七位，都不是民主黨內的元老，媒體戲稱他們為「七矮人」。雖然克林頓在全國第一場新罕布什爾州初選輸給了麻省參議員宗格斯，但他後來居上，贏得了民主黨提名。
1992年7月9日，在黨內初選中獲勝的克林頓選擇了參議員艾伯特·戈爾作為他的競選夥伴。最初許多人都批評這項選擇十分不智，因為戈爾就來自於與阿肯色州接壤的田納西州，兩州皆在南方，違反了正副總統候選人來自不同區域的傳統選戰策略。但是現在回想起來，許多人認為戈爾在1992年的選舉中也是克林頓獲勝的關鍵因素之一，因為兩人的年輕特質給予了選民一個清新的印象。
克林頓最終贏得了1992年選舉的勝利，這主要是因為他的競選策略專注於國內議題，特別是當時陷入低谷的美國經濟。他的競選總部曾經張貼出一句非常著名的標語：「笨蛋，問題是經濟！」（"It's the economy, stupid!"）。
而克林頓的對手卻主要攻擊他的人格缺陷，包括他在越南戰爭期間逃避兵役，吸食大麻的問題和女性的緋聞以及幾起有問題的商業交易。這些指控雖然沒能阻止克林頓當選為總統，卻在保守派人士中間掀起了反克林頓浪潮。
上任初期的混亂
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克林頓與副手戈爾
1993年克林頓一上任便試圖大刀闊斧的按照左派理想來改造社會。他向富裕階層增稅並開展各種大政府計劃，試圖讓同性戀者在軍隊中公開服役，又試圖改造美國醫療健康保險制度，結果引起保守派強烈反彈。
克林頓與俄羅斯總統葉利欽
克林頓設法讓美軍公開同性戀取向，是對傳統社會的挑戰，於是受到右翼和軍方的強烈反對，最後以「不問不說」（Don't ask, don't tell）作為折衷方案。
奢侈稅的開徵原意是要向富人徵稅，結果卻事與願違，導致皮草和遊艇等高價商品銷售下跌，侵蝕中產階級銷售員的收入，使中產不滿。
最嚴重的是美國醫療改革制度的嘗試，改革的目標是要推廣強制性的政府壟斷的健康保險，該計劃受到美國國內的竭力反對；同時美國民間社會的意識型態普遍崇尚自由主義、個人主義、反國家主義，有人視健保制度為共產主義化身。
克林頓委派了同樣在政治上雄心勃勃的他的妻子希拉里主導一個委員會負責策劃健保改革。當時民主黨掌握國會參眾兩院和白宮，理論上有機會通過任何民主黨願意通過的法案。但是希拉里領導的委員會沒有徵詢外界的意見，包括其他民主黨人士，而只是閉門研議出一套改革方案，結果是，健保改革牽涉盤根錯節千絲萬縷的利害得失，委員會最後提出的健保改革法案連民主黨的國會議員都不支持，不但整個改革計劃完全失敗，其所引發的社會反彈連帶導致民主黨在1994年的期中選舉慘敗，喪失了長達四十年對參眾兩院的控制權，共和黨大獲全勝。共和黨革命後，紐特·金里奇成為新任的美國眾議院院長，金里奇其後成為克林頓此後任期最強勁的政治對手。
1996年總統大選
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主條目：1996年美國總統選舉
由於國會兩院被共和黨全面控制，克林頓決定走中間派路線。他聘請共和黨謀士大衛·葛根作為顧問，同時僱用了共和黨選舉策士迪克·莫里斯。莫里斯為克林頓制定了一個三角策略（triangulation），即白宮採取一個在國會民主黨和共和黨之間的立場，與兩黨議員都保持等距離。這個策略證明十分有效，隨着大選的到來，克林頓逐漸恢復名聲，政府恢復穩定，經濟也恢復增長，美國國民大體對生活覺得滿意，克林頓在競選連任過程中一路處於上風。不過，他和共和黨控制的國會關係並不佳，1996年1月初曾因為國會拒絕提高上限，而引發聯邦政府長達十七天的關門。共和黨拒絕妥協，間接為克林頓的連任總統製造條件。
共和黨提名候選人為73歲堪薩斯州老牌參議員、原參議院多數黨領袖鮑勃·多爾。高齡的多爾不但在年齡上處於劣勢，也不能提出一個能吸引選民的議題。他倉促提出了17%齊頭稅率政見，顯得輕率，選民也對這種未經認真論證的政策抱持懷疑的態度。眼看着大勢將去，多爾放手一搏，辭去了參議員和參議院多數黨領袖的職位。這個策略短暫的鼓舞了共和黨的士氣，但是沒能挽救狂瀾於既倒。克林頓以379對159的選舉人票數順利連任，成為繼富蘭克林·羅斯福之後首位順利連任的民主黨籍總統。
彈劾
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參見：萊溫斯基醜聞和克林頓彈劾案
1998年克林頓因與白宮實習生莫妮卡·萊溫斯基有染的醜聞，加上他對外曾公開說謊，使共和黨決定向他提出彈劾程序，但最終在民主黨議員的強力反對下，在眾議院通過，但在參議院則最終被否決，克林頓最終保住他的總統職位。
經濟繁榮
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2000年10月10日，時任美國總統克林頓在華盛頓白宮會見了朝鮮國防委員會第一副委員長趙明錄次帥。
克林頓執政期間最大的成就是繁榮的經濟。拜互聯網科技成熟之賜，一個嶄新的科技產業在1996年開始發展起來，並於1998年進入白熱狀態。互聯網革命創造了一個帶有巨大產值的新產業，連帶創造了高薪的工作機會，帶動了經濟的運轉。
股票市場的快速膨脹則讓股民享受了幾年的紙上富貴。不過在克林頓任期的最後一年，科技泡沫已經開始破裂。道瓊斯工業指數在2000年4月達到歷史高峰之後開始長達了兩年的下跌，跌幅高達40%。科技股雲集的納斯達克市場跌幅更超過80%。
內閣
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職位
姓名
任期
總統
比爾·克林頓
1993-2001
副總統
阿爾·戈爾
1993-2001
國務卿
基斯杜化
1993-1997
奧爾布賴特
1997-2001
國防部長
萊斯·亞斯平
1993-1994
威廉·佩利
1994-1997
威廉·科恩
1997-2001
財政部長
勞萊·本特森
1993-1994
羅拔·魯賓
1995-1999
羅倫士·薩默斯
1999-2001
司法部長
珍納特·雷諾
1993-2001
內政部長
布魯士·巴比特
1993-2001
農業部長
米克·埃斯比
1993-1994
丹·吉利文
1994-2001
商業部長
朗奴·布朗
1993-1996
米奇·奇塔
1996-1997
威廉·戴利
1997-2000
諾曼·峰田
2000-2001
勞工部長
羅拔·列治
1993-1997
亞歷西斯·靴爾文
1997-2001
衛生部長
當納·沙拿納
1993-2001
發展部長
亨利·施沙諾斯
1993-1997
運輸部長
費特列高·彭拿
1993-1997
安德魯·科木
1997-2001
能源部長
赫塞爾·奧拉利
1993-1997
費特列高·彭拿
1997-1998
比爾·李察臣
1998-2001
教育部長
李察·雷利
1993-2001
退伍軍人部長
傑西·布朗
1993-1997
丹尼士·韋斯特
1998-2000
赫塞爾·高巴亞
2000-2001
克林頓提名了以下人士擔任美國最高法院大法官：
露絲·堅士堡－1993年。被提名取代退休的拜倫·懷特，在參議院以96比3的票數通過。
史提芬·布雷耶－1994年。提名取代哈利·布列治蒙，在參議院以87比9的票數通過。